應用一種新技術并非完全一帆風順，CTP計算機直接制版技術也會出現一些問題，其中包括印版耐印力不夠理想，上機印刷后版面容易上臟不易清除，套印不太準確等等。
CTP印版在印刷當中出現版面上臟問題可以從三方面考慮：版材質量，制版過程是否合理操作，印刷問題。
一、版材質量
CTP版材的運輸儲存條件要求比較嚴格，而且有一定的保質期。比如它要求在曝光之前應放在密封的包裝盒中，所處的環境應是干燥陰涼的，而且只有選擇在黃色燈光的照射下，才能打開包裝盒裝機曝光顯影，它的保質期一般為一年左右。由于CTP版材感光層穩定性比較低，低于PS版1000倍。因此，稍有不慎將使CTP版材表面涂布層的化學物質性質受到影響，這樣曝光顯影之后版面空白部分的親水性能會受到影響，引起上機印刷后版面上臟。
早期購買的CTP版材，其制出的印版一上機印刷就大面積地上臟，而且很難清除，只好更換新的印版。而用剛購買不久的版材在同等條件下制出的印版上機印刷則版面非常干凈，沒有版面上臟現象。經反復比較試驗表明那批舊版材的質量存在著問題。可能版材出廠時質量就不過關，也有可能版材在運輸、儲存過程中存在著沒按規范要求的操作導致版材質量變質。解決辦法是要求廠方保證產品質量、運輸、儲存過程嚴格按規范要求操作。
二、制版過程是否合理操作
CTP版曝光時間不足以及顯影液濃度或顯影時間不夠也將使CTP印版空白部分化學物質親水性能沒有達到要求；這也會使CTP印版上機印刷后容易上臟。
這里介紹一個小經驗：如果我們知道有一批版材質量有問題，或CTP制版機上顯影液濃度已經下降到一定程度，而這種情況將導致CTP印版上機印刷后版面上臟，可以在上機印刷前先在印版表面擦上一層薄薄的100％潤版液原液，則能達到較為滿意的效果。這是基于膠印版對油性物質或水性物質有先入為主的性能，即印版如果先接觸哪種性能的物質，印版將對那種物質有一定的優先親和性能，而潤版液本身就是水性物質，它能促使印版空白部分產生親水斥油性能。這就在一定程度上阻止版面空白部分對油墨產生親和性，以達到版面去臟的目地。當然這只是一種補救措施，問題的根本解決辦法是CTP版曝光時間、顯影液濃度、顯影時間都要合適，在運輸儲存過程中影響CTP版材質量問題的因素要排除。
三、印刷問題
印刷方面也直接和CTP印版上臟問題有關系。印刷機的水墨輥壓力調節不當將立即產生糊版，也易引起臟版。如果CTP印版質量合格，潤版液濃度合適，只要調節好水輥墨輥及相關壓力之后，將會得到滿意的效果。
請注意：由于PS版潔版膏對CTP印版圖文部分有嚴重的腐蝕性，因此切不可用這種潔版膏直接擦拭CTP印版以求版面去臟。用潤版液原液擦拭印版，能達到一定的效果。此外靠版墨輥的硬度如果偏高或者其包膠厚度太薄，也會出現CTP印版整版上臟現象。這是因為這種靠版墨輥膠層彈性不夠，其對印版的表面摩擦力非常大，從而引起臟版。
曾經加工一根直徑為72mm的靠版墨輥，無論這根墨輥放在哪個印刷色組使用，那一色的印版就整版上臟，而換上其它正常的墨輥則沒有這個問題。經檢查，這根靠版墨輥的包膠厚度太薄，這樣它的軟硬度雖然合適，但是整個膠層彈性還是不夠，其對印版的滑動磨擦力太大，引起臟版是自然而然的事。
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